Rok 1939 priniesol do Hrachovišťa zvýšený záujem o politický život. Výčapná miestnosť Potravného družstva bola pravidelne plná občanov, ktorí si prichádzali vypočuť rôznych rečníkov alebo rozhlasové vysielanie. 14. marca1939, keď bola vyhlásená samostatnosť Slovenska. Radosť z vyhlásenie Slovenskej republiky však prerušila obava z možnej vojny. Nemecká ríša nanútila Slovensku svoju „ochranu“, ale i povinnosť zúčastniť sa vojny po boku veľkého spojenca. Jedinou povolenou politickou stranou sa stala Hlinkova slovenská strana. Zaujímavé je, že v Hrachovišti nevznikla Hlinkova garda napriek tomu, že v susedných dedinách už od roku 1939 pôsobila. Na nátlak politických činiteľov z Myjavy a Nového Mesta nad Váhom založili gardu začiatkom roku 1940. Vstúpilo do nej asi 60 mužov V lete roku 1939 sa Hrachovišťania dozvedeli, že ich rodák Imrich Gablech uletel do Poľska, ktoré bolo bezprostredne ohrozené fašistickým Nemecom. Jeho útek do Poľska prijali občania s prekvapením. Osudy vojenského pilota boli podobné ako u iných slovenských chlapcov. Po porážke Poľska prešiel strastiplnú cestu zajateckými tábormi v Rusku a až v roku 1942 sa mu podarilo dostať do Veľkej Británie. Tu bojoval v radoch britského kráľovského letectva. Po skončení vojny bol veliteľom letiska v Havlíčkovom Brode. Podobne ako iný vojaci zo západného frontu bol zbavený velenia a prepustený do zálohy. Plne ho rehabilitovali až v súčasnosti. Aj ďalší Hrachovišťania sa zúčastnili bojov na rôznych frontoch v Poľsku, vo vtedajšom Sovietskom zväze, v Rumunsku a v Taliansku. Vo vojne padli Ján Uher, Tobiáš Kolník. V Slovenskom národnom povstaní padli Emil Babulic a Jozef Slezák. Aktívne so zbraňov v ruke bojovalo desať Hrachovišťanov, z toho traja boli odvlečení do koncentračných táborov. 18.novembra 1944 zaistili gestapáca Mikuláša Arbeta a jeho syna Alexandra, ako aj mlynára Pavla Mramúcha. Títo sa potom vrátili z koncentračného tábora až 26. mája 1945. 20. novembra 1944 zažilo Hrachovište prvé angloamerické bombardovanie.

Bomby padli nad kostolom, na lúčkach, do potoka, ale aj do dvorov. Nikto nebol zabitý a bol zranený jeden malý chlapec. 4. februára 1945 prišli do Hrachovišťa nemeckí vojaci v sile jednej delostreleckej batérie a asi s 80 koňmi. Nikomu v dedine neublížili a ochotne pomáhali pri rôznych poľnohospodárskych prácach. Z dediny odišli až 27. marca, keď sa približoval front. Onedlho potom 30.marca prišli do obce partizáni preoblečení za Nemcov. Za pomoci niektorých hrachovištských antifašistov násilne zobrali niektorým občanom tri kusy hovädzieho dobytka, peniaze, šatstvo a cigarety. Ďalšie nemecké bojové jednotky prišli do Hrachovišťa 2.apríla, ale už sa nesprávali tak ako ich predchodcovia. Žiadali potraviny a kone. Gazdovia kone schovávali, aby im ich Nemci nezobrali. Mladých chlapcov, ktorí sa išli pozrieť na vrchy, chcel nemecký veliteľ zastreliť ale nakoniec každého vymenil za dva litre slivovice. Vtedy už dopadli na Hrachovište granáty útočiacich vojsk a Nemci ustupovali. Ráno 7. apríla odchádzali poslední Nemci a dvaja z nich boli zastrelení rumunským gulometčíkom v priestore nad kostolom. Obaja boli pochovaní spolu s ich zbraňami ( pancierové päste) na dolnom okraji cintorína. Na poludnie 7. apríla 1945 vstúpili do Hrachovišťa rumunské jednotky. Rumunskí vojaci boli v dotrhaných uniformách a hladní. Niektorí si pýtali jedlo, iní si brali čo sa im zapáčilo. Na ochranu pred Rumunskými vojakmi zriadili občiansku stráž, ktorú tvorilo asi 20 mužov. V tom čase sa po okolí vyskytovalo dosť dobrodruhov, ktorí kradli a lúpili a pritom sa vydávali za partizánov alebo rumunských vojakov. Pri hodnotení vývoja v období Slovenskej republiky zdôrazňujú Hrachovišťania najmä ekonomický rozvoj. Životná úroveň stúpla. Mnohí roľníci splatili značnú časť svojich dlhov a prakticky bola odstránená nezamestnanosť. Nastal aj rozvoj kultúrneho života. Pravidelne sa hrávali divadelné hry, mládež organizovala rôzne akcie a celkovo stúplo sebavedomie slovenských občanov. Mládež dostala možnosť ísť do učenia alebo študovať. Z tohto hľadiska musíme vývoj v Hrachovišti v období rokov 1938 – 1945 hodnotiť jednoznačne pozitívne.